Как показали недавние тесты, сейчас наблюдаются некоторые проблемы с .NET 2.0 на Linux. По-видимому, это связано с тем, что разработчики Wine внесли много изменений в алгоритмы работы .NET 2.0 в будущем это должно привести к корректной работе технологии .NET на Linux. Следует отметить, что и раньше не было стопроцентной поддержки этой технологии в Wine. Особенно это было заметно при работе с программой "Землеустроительное дело (Landscaping File)", которая далеко не всегда стабильно работала на Linux. Временно не используйте новые версии Wine для запуска программ с этого сайта, дождитесь стабильных релизов Wine, ну или тестируйте на свой страх и риск.